Dalam Peraturan Walikota Batam Nomor 40 Tahun 2016 tersebut, Dinas Bina Marga dan Sumber Daya Air disusun sebagai berikut :
1. Kepala Dinas
2. Sekretariat:
- Sub BagianPerencanaan dan program;
- Sub Bagian Umum dan Kepegawaian
- Sub Bagian Keuangan
3. Bidang Bina Marga
- Seksi Perencanaan Teknis Jalan, Jembatan/Pelantar
- Seksi Jalan
- Seksi Jembatan dan Pelantar
4. Bidang Prasarana Sumber Daya Air
- Seksi Perencanaan Teknis Prasarana Sumber Daya Air
- Seksi Drainase dan Sungai
- Seksi Pantai dan Waduk
5. Bidang Peralatan dan Pengujian
- Seksi Operasional Alat Berat
- Seksi Pemeliharaan Peralatan
- Seksi Pengujian
6. Bidang Penerangan Jalan Umum
- Seksi Perencanaan teknis Penerangan Jalan Umum
- Seksi Pembangunan Penerangan Jalan Umum
- Seksi Rehabilitasi dan Pemeliharaan Jalan Umum
7. Unit Pelaksanaan Teknis
8. Kelompok Jabatan Fungsional
DINAS BINA MARGA DAN SUMBER DAYA AIR KOTA BATAM